Trên cơ sở trường Phổ thông cấp II Phú Hòa, tọa lạc tại khu Chi Lăng chợ Phú Hòa (nay là ấp Phú Hữu, thị trấn Phú Hòa, huyện Thoại Sơn, tỉnh An Giang), được sự cho phép của UBND tỉnh An Giang và Sở Giáo dục và Đào tạo An Giang, năm 1985 Trường Phổ thông cấp II Phú Hòa, chuyển thành Trường Phổ thông cấp II, III Phú Hòa (nay là Trường Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến) tọa lạc tại ấp Phú Hữu, thị trấn Phú Hòa, huyện Thoại Sơn, tỉnh An Giang.

Lúc mới thành lập, quy mô của trường rất nhỏ, cơ sở vật chất yếu và thiếu, đội ngũ chưa mạnh, các tổ chuyên môn chủ yếu sinh hoạt tổ ghép. Mặc dù còn rất nhiều khó khăn nhưng đội ngũ cán bộ, giáo viên, nhân viên và học sinh nhà trường luôn đoàn kết, không ngừng vươn lên trong dạy và học để đạt chỉ tiêu đề ra. Từ những cơ sở vật chất đơn giản ban đầu, được sự quan tâm, chỉ đạo sâu sát của ngành và các cấp chỉnh quyền địa phương cùng với sự đồng thuận của tập thể thầy và trò của nhà trường đã từng bước đưa Trường Phổ thông cấp II, III Phú Hòa (ban đầu) và trường Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến (hiện tại) ngày càng phát triển về quy mô, đội ngũ và chất lượng, trở thành một trong 10 trường có chất lượng đào tạo cao nhất của ngành giáo dục An Giang, rất nhiều thế hệ học sinh đã thành đạt và đang là những công dân có ích phục vụ xã hội trên mọi miền đất nước.

Quá trình phát triển của Trường trải qua các thời kỳ như sau:

  1. Giai đoạn trước năm 1985:

Trường mang tên: Trường Phổ thông cấp II “A” Phú Hòa sau đó đổi thành trường Phổ thông cấp II Phú Hòa do các thầy (cô) sau đây làm Hiệu trưởng và Phó Hiệu trưởng:

- Hiệu trưởng (từ 1979-1981): Thầy Hoàng Văn Phát (hiện…).

- Hiệu trưởng (từ 1981-1984): Thầy Nguyễn Hùng Dũng (hiện đã hưu trí).

- Phó Hiệu trưởng (từ 1979-1984): Thầy Phan Tấn Đức (hiện đã hưu trí).

Cơ sở vật chất của Trường trong thời gian này gồm hai dãy, dãy phòng xây kiên cố nằm trên khu chính gồm 05 phòng, dãy phòng tạm (tôn, gỗ) ở khu hai (mé bờ sông) gồm 5 phòng. Trong đó 08 phòng sử dụng cho giảng dạy, 01 phòng làm việc của Ban giám hiệu, giáo viên và kế toán, 01 phòng thư viện. Cả trường chỉ có duy nhất 01 máy đánh chữ (sử dụng chung cho Ban giám hiệu và kế toán), trang thiết bị dạy và học chưa có. Các tổ chuyên môn gồm 02 tổ, tổ Khoa học tự nhiên và tổ Khoa học xã hội. Học sinh tiếp tục tăng quy mô từ lớp 6 đến lớp 9.

  1. Giai đoạn 1985-1988:

Trường đổi tên thành trường Phổ thông cấp II, III Phú Hòa, do thầy Võ Văn Quang làm Hiệu trưởng (hiện đã hưu trí), sau đó Trường trở thành phân hiệu của  Trường cấp III Huệ Đức do thầy Trần Tài Lén làm cụm trưởng, giữ chức vụ Phó Hiệu trưởng.

Cơ sở vật chất của trường được xây thêm 5 phòng lầu trên cơ sở 5 phòng có từ trước nâng tổng số phòng lên 15 (10 phòng kiên cố và 05 phòng tạm) trong đó 13 phòng làm học, 01 phòng làm việc của Ban giám hiện, giáo viên và nhân viên, 01 phòng thư viện. Trang thiết bị dạy học vẫn còn yếu và thiếu. Học sinh của trường trong thời kỳ này tăng lên về số lượng và cấp học, gồm học sinh từ lớp 6 đến lớp 12. Chất lượng giáo dục của Trường thấp, từng bước được củng cố, hoạt động của các tổ chuyên môn đã được tách ra theo phân môn và sinh hoạt ghép cấp II và cấp III.

  1. Giai đoạn 1988-1990:

Giai đoạn này Trường vẫn mang tên trường Phổ thông cấp II, III Phú Hòa do thầy Nguyễn Phú Đạt làm Hiệu trưởng (đã từ trần vào năm 1990), thầy Nguyễn Duy Thuấn làm Phó Hiệu trưởng (hiện đang sinh sống ở nước ngoài).

Cơ sở vật chất, trang thiết bị vẫn như cũ. Đội ngũ giáo viên còn thiếu rất nhiều ở tất cả các bộ môn, chất lượng chưa đồng đều. Học sinh gồm 2 cấp (cấp II và cấp III). Chất lượng giáo dục của Trường chưa có nhiều chuyển biến, tiếp tục được củng cố và từng bước ổn định.

  1. Giai đoạn 1990-2001:

Trường đổi tên thành trường Phổ thông trung học Phú Hòa (1990) và sau đó đổi thành trường Trung Học Nguyễn Khuyến (1995), do thầy Nguyễn Ngọc Hùm làm Hiệu trưởng (chuyển công tác năm 2001 và đã từ trần vào năm 2014). Trong thời gian này các thầy (cô): Cô Nguyễn Thị Huệ (chuyển công tác năm 1992); Thầy Phan Văn Kim (chuyển công tác năm 1995, đã từ trần năm 2005); Thầy Phạm Sơn; Cô Nguyễn Thị Nga làm Phó Hiệu trưởng.

Cơ sở vật chất của Trường được xây dựng mới thêm 04 dãy phòng học (26 phòng) và khu thực hành thí nghiệm, khu hiệu bộ, cơ bản đáp ứng cho nhu cầu dạy và học cũng như các hoạt động hỗ trợ dạy và học trong nhà trường. Đồ dùng - trang thiết bị dạy học được bổ sung khá đầy đủ (máy vi tính, tranh ảnh, phương tiện thực hành, thí nghiệm,…).

Đội ngũ giáo viên và cán bộ quản lý của Trường hầu hết đạt chuẩn đào tạo, có trình độ chuyên môn vững vàng, nhiệt tình trong công tác, rất nhiều giáo viên có tinh thần vượt khó, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao. Hoạt động của các tổ chuyên môn ngày càng được cải thiện, hoạt động đoàn thể phong phú, đa dạng đã tạo động lực cho công tác dạy và học đạt hiệu quả cao. Chi bộ Đảng của Trường được thành lập trên cơ sở tách khỏi Chi bộ Giáo dục của Đảng bộ Thị trấn Phú Hòa (năm 1999).

Số lượng học sinh tăng nhanh, nhất là học sinh cấp III (trên 3.000 học sinh với 74 lớp), thu hút hầu hết học sinh trên địa bàn Phú Hòa, Vĩnh Chánh, Vĩnh Khánh, Vĩnh Trạch, Định Thành, Định Mỹ (huyện Thoại Sơn); Vĩnh Thành, Vĩnh nhuận (huyện Châu Thành); Mỹ Hòa, Mỹ Khánh (thành phố Long Xuyên). Trong giai đoạn này, trường hình thành thêm các phân hiệu: Vĩnh Khánh (sau đó tách ra thành lập Trường Trung học cơ sở Vĩnh Khánh, do thầy Cao Tiến Vũ làm Hiệu trưởng), Vĩnh Chánh (sau đó tách ra thành lập Trường Trung học cơ sở Vĩnh Chánh, do thầy Nguyễn Phước Đa làm Hiệu trưởng), Phú Thuận và hệ bán công nhằm đáp ứng yêu cầu học tập trên địa bàn.

Trong giai đoạn này, nề nếp dạy và học từng bước được xây dựng và củng cố, chất lượng giáo dục được củng cố và tăng dần hàng năm, tỷ lệ học sinh tốt nghiệp THPT đạt trên dưới 85%.

  1. Giai đoạn 2001-2003:

Trường đổi tên thành trường Phổ thông trung học Nguyễn Khuyến, gồm học sinh cấp II và cấp III, do thầy Phạm Sơn làm Hiệu trưởng (chuyển công tác năm 2003, hiện là Phó Chánh Văn phòng UBND tỉnh). Trong thời gian này các thầy (cô): Cô Nguyễn Thị Nga, Thầy Nguyễn Văn Rớt làm Phó Hiệu trưởng.

Cơ sở vật chất trong những năm này ổn định và được bổ sung tu bổ thường xuyên; cảnh quan sư phạm đặc biệt được quan tâm, chăm sóc, đã trồng thêm nhiều cây bóng mát, hoa kiểng; ý thức giữ gìn vệ sinh chung của học sinh có nhiều chuyển biến đáng kể. Trong giai đoạn này, số lượng học sinh tăng nhanh; hệ bán công tách ra thành lập trường Trung học phổ thông Bán công Phú Hòa (do thầy Nguyễn Chí Sơn làm Hiệu trưởng), phân hiệu Phú Thuận tách ra thành lập trường Trung học cơ sở Phú Thuận (do thầy Nguyễn Minh Luân làm Hiệu trưởng).

Đội ngũ giáo viên không ngừng được củng cố và nâng chất. Các tổ chuyên môn hoạt động độc lập theo phân môn; sinh hoạt tổ chuyên môn đi vào nề nếp với nhiều hoạt động phong phú, đa dạng có chất lượng - hiệu quả cao. Chi bộ của Trường không ngừng lớn mạnh và trưởng thành; tập thể sư phạm đoàn kết, nhất trí, cùng với sự quan tâm hỗ trợ thiết thực, hiệu quả của cấp ủy - chính quyền địa phương, của phụ huynh học sinh đã tạo thành động lực to lớn giúp nhà trường vươn lên trở thành một trong những trường chất lượng cao của tỉnh.

Trong giai đoạn này, việc đổi mới phương pháp giảng dạy được đồng chí Hiệu trưởng quan tâm chỉ đạo sâu sát đến từng giáo viên và được giáo viên triển khai thực hiện hiệu quả, qua đó chất lượng giảng dạy có sự chuyển biến rõ nét và đồng đều ở các bộ môn, ý thức học tập của học sinh được nâng lên; hoạt động ngoài giờ được quan tâm chỉ đạo sâu sát, nên có bước chuyên biến tích cực, tất cả đã tạo nên nền tảng vững chắc cho chất lượng giáo dục của Trường vươn lên, tỷ lệ học sinh tốt nghiệp THPT nằm trong top 10 của tỉnh, số lượng học sinh giỏi cấp huyện, cấp tỉnh ngày càng tăng.

  1. Giai đoạn 2003-2007:

Trong năm 2003, Trường Phổ thông trung học Nguyễn Khuyến tách thành trường Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến (cấp III) do cô Nguyễn Thị Nga làm Hiệu trưởng (chuyển công tác năm 2007, hiện là Trưởng phòng Tồ chức – Cán bộ, Sở Giáo dục và Đào tạo) và Trường Trung học cơ sở Phú Hòa (cấp II) do thầy Phan Ngọc Mến làm Hiệu trưởng.

Trong giai đoạn này trường Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến tạm sử dụng chung cơ sở vật chất với trường Trung học cơ sở Phú Hòa và mượn thêm phòng học của trường Trung học phổ thông Bán công Phú Hòa. Các thầy (cô): Thầy Nguyễn Văn Rớt, Cô Lê Thị Ngọc Hà làm Phó Hiệu trưởng.

Đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên của Trường được nâng lên về số lượng và chất lượng, đáp ứng yêu cầu giảng dạy cũng như các hoạt động khác. Chi bộ trường Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến gồm Đảng viên của trường Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến và Đảng viên trường Trung học phổ thông Bán công Phú Hòa, do cô Nguyễn Thị Nga làm Bí thư.

Số lượng học sinh ổn định về qui mô. Công tác chăm lo cho đời sống cán bộ, giáo viên, nhân viên được Ban giám hiệu nhà trường đặc biệt quan tâm. Hoạt động dạy và học của trường ngày càng hiệu quả, chất lượng giáo dục tiếp tục được giữ vững và từng bước nâng lên. Tỷ lệ học đỗ tốt nghiệp THPT và Đại học, Cao đẳng ngày càng tăng.

  1. Giai đoạn từ năm 2007 đến nay:

Trong giai đoạn này, trường Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến do thầy Nguyễn Văn Rớt làm Hiệu trưởng. Các thầy (cô): Cô Lê Thị Ngọc Hà (chuyển công tác năm 2008), Thầy Quách Tấn Triều, Thầy Lê Minh Tân (đã nghỉ hưu), Thầy Dương Minh Nhựt, Thầy La Thế Dũng làm Phó Hiệu trưởng.

- Giai đoạn 2007-2009:

Trường vẫn tạm sử dụng chung cơ sở vật chất với Trường Trung học cơ sở Phú Hòa, đồng thời cất thêm 05 phòng học tiền chế ở khu hai và tiếp tục mượn thêm phòng học của trường Trung học phổ thông Bán công Phú Hòa. Tháng 8 năm 2008, trường Trung học phổ thông Bán công Phú Hòa sáp nhập vào trường Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến.

Trong thời gian này mặc dù rất nhiều khó khăn, trở ngại về cơ sở vật chất, nhưng thầy và trò của Trường vẫn luôn khắc phục, không ngừng vươn lên để hoàn thành tốt nhiệm vụ được phân công. Từ sự nỗ lực đó, chất lượng giáo dục của nhà trường luôn được giữ vững và ngày càng nâng cao.

- Giai đoạn 2009 đến nay:

Tỉnh đã đầu tư, xây dựng cơ sở mới cho Trường gồm 20 phòng học, khu hiệu bộ, các phòng bộ môn, phòng thư viện, phòng máy vi tính… cùng nhiều trang thiết bị dạy học khác trên một khuôn viên rộng lớn tọa lạc tại ấp Phú An, thị trấn Phú Hòa, huyện Thoại Sơn, tỉnh An Giang. Năm 2010, Trường chuyển về cơ sở mới và hoạt động ổn định cho đến ngày hôm nay; sau 03 năm phấn đấu xây dựng cảnh quan, tiếp tục giữ vững chất lượng giáo dục về mọi mặt, măm 2014, Trường được công nhận Trường ĐẠT CHUẨN QUỐC GIA.

Đội ngũ nhà trường ngày càng nâng lên về số lượng và chất lượng. 100% cán bộ, giáo viên, nhân viên đều đạt chuẩn và trên chuẩn, trình độ chuyên môn vững vàng, nhạy bén trong đổi mới phương pháp giảng dạy, không ngừng ứng dụng công nghệ thông tin trong soạn giảng, trong quản lý chuyên môn, quản lý học sinh và trao đổi, nắm bắt thông tin hai chiều; nhiều giáo viên đạt danh hiệu giáo viên giỏi cấp tỉnh và cấp cơ sở và các danh hiệu khá. Chi bộ nhà trường phát triển nhanh về số lượng và chất lượng, rất nhiều học sinh ưu tú của Trường đã được đứng vào hàng ngũ của Đảng; cán bộ, Đảng viên không ngừng vươn lên và luôn là nòng cốt cho các hoạt động của Trường, luôn luôn lắng nghe, gần gũi và gắn bó với quần chúng nên luôn được tập thể nhà trường tín nhiệm, ủng hộ; nhiều năm liền, Chi bộ dạt danh hiệu “Chi bộ xuất sắc tiêu biểu”, được tặng nhiều bằng khen của Huyện Ủy, Tỉnh Ủy.

Nhà trường luôn gắn Phong trào thi đua dạy tốt - học tốt, Phong trào xây dựng trường học thân thiện - học sinh tích cực với cuộc vân động “Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh” và xem đây là tiêu chí thi đua chính trong các hoạt động của Trường. Cuộc vận động này thực sự là động lục cho sự vươn lên, sự hoàn thiện của giáo viên và học sinh. Chất lượng giáo dục của Trường luôn được củng cố và giữ vững trong top đầu của tỉnh. Nhiều năm liền trường có tỉ lệ đỗ tốt nghiệp THPT đứng trong top 10 của tỉnh An Giang; số học sinh đỗ Đại học, Cao đẳng nguyện vọng 1 năm sau luôn cao hơn năm trước. Đặc biệt, năm học 2014-2015, số học sinh đỗ Đại học, Cao đẳng nguyện vọng 1 đạt gần 60% trên tổng số học sinh khối 12.

Qua 30 năm thành lập và phát triển, từ một trường có quy mô nhỏ, ít lớp, cơ sở vật chất yếu kém nhưng với sự nỗ lực vươn lên không ngừng của thầy và trò, cùng với sự quan tâm, chỉ đạo sâu sắc của ngành, các cấp chính quyền địa phương, sự giúp đỡ không ngừng của các mạnh thường quân, của Hội cha mẹ học sinh, đến nay trường Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến đã và đang phát triển toàn diện về quy mô, về đội ngũ, chất lượng, cảnh quan sư phạm, là một trong mười trường trung học phổ thông có chất lượng cao của ngành giáo dục và đào tạo tỉnh An Giang, xứng đáng là  trường đạt chuẩn quốc gia. 30 năm qua, từ ngôi trường này, nhiều thế hệ thầy và trò đã trở thành đồng nghiệp, đồng chí; nhiều thế hệ học sinh đã trưởng thành, thành đạt trong cuộc sống, tất cả đã và đang gắn kết cùng nhau xây dựng nhà trường ngày càng khang trang, văn minh, hiện đại, chất lượng cao; và tự hào rằng mình đã từng công tác, học tập tại Trường Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến.

Thông tin về chung về Trường Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến (tính đến năm học 2018-2019)

- Tổ chức Đảng: Thầy Nguyễn Văn Rớt làm Bí thư.

- Ban Giám hiệu: Hiệu trưởng: Thầy Nguyễn Văn Rớt. Phó Hiệu Trưởng: Thầy Quách Tấn Triều, Thầy Dương Minh Nhựt, Thầy La Thế Dũng.