- Nhiệm kỳ 2002 – 2005: Ban chi ủy gồm:

+ Đồng chí Phạm Sơn                   Bí thư chi bộ

+ Đồng chí Nguyễn Thị Nga        Phó Bí thư chi bộ

+ Đồng chí Nguyễn Chí Sơn         Chi ủy viên

+ Đến ngày 02 tháng 12 năm 2003 do đồng chí Nguyễn Thị Nga làm Bí thư theo quyết định số 475 – QĐ/HU (do đồng chí Phạm Sơn chuyển công tác về Sở Giáo Dục và Đào Tạo An Giang)

- Nhiệm kỳ 2005 – 2008: Ban chi ủy gồm:

+ Đồng chí Nguyễn Thị Nga           Bí thư chi bộ

+ Đồng chí Nguyễn Chí Sơn           Phó Bí thư chi bộ

+ Đồng chí Phan Ngọc Mến            Chi ủy viên   

+ Đến năm 2006 do đồng chí Nguyễn Văn Rớt làm Bí thư do đồng chí Nguyễn Thị Nga chuyển công tác về Sở giáo dục và đào tạo An Giang

- Nhiệm kỳ 2008 – 2011: Ban chi ủy gồm:

+ Đồng chí Nguyễn Văn Rớt                     Bí thư chi bộ

+ Đồng chí Trần Thị Phương Lâm           Phó Bí thư chi bộ

+ Đồng chí Nguyễn Hữu Tại                   Chi ủy viên

- Nhiệm kỳ 2011 – 2015: Ban chi ủy gồm:

+ Đồng chí Nguyễn Văn Rớt                  Bí thư chi bộ

+ Đồng chí Quách Tấn Triều                  Phó Bí thư chi bộ

+ Đồng chí Nguyễn Hữu Tại                  Chi ủy viên

+ Đồng chí Trần Thị Phương Lâm         Chi ủy viên

+ Đồng chí Châu Thị Phương Thùy       Chi ủy viên

Đến tháng 12 năm 2011, chi bộ THPT Nguyễn Khuyến có 34 đảng viên.

- Nhiệm kỳ 2015 – 2020: Ban chi ủy gồm:

+ Đồng chí Nguyễn Văn Rớt               Bí thư chi bộ

+ Đồng chí Quách Tấn Triều               Phó Bí thư chi bộ

+ Đồng chí Nguyễn Hữu Tại               Chi ủy viên

+ Đồng chí Dương Minh Nhựt            Chi ủy viên

+ Đồng chí Châu Thị Phương Thùy    Chi ủy viên